四大扎倉
扎倉是格魯派寺院的學經單位,也是措欽以下的管理機構。哲蚌寺建成初期有七個扎倉,分別由絳央曲結的七大弟子主持,后來各地來寺的僧人不斷增多,根據他們的學經內容和籍貫合并成現在的羅賽林、郭芒、德陽和阿巴四大扎倉。后一個為密宗扎倉。
德陽扎倉
德陽扎倉在四大扎倉中建筑面積最小,約952平方米,其經堂共有62根柱子,面積375平方米。經堂后部為佛殿。
羅賽林扎倉
羅賽林扎倉是哲蚌寺最大的扎倉。它的建筑面積約1860平方米,主要包括經堂和佛殿兩部分。經堂有102根柱子,面積1053平方米,兩邊經架壁立,總長約60多米,放滿各種經典。經堂陳設裝飾不亞于措欽大殿。經堂后背是強巴佛殿,并列三室,前部相通,佛殿內供滿各種佛像。扎倉的僧人人數是全寺最多的,他們主要來自康區和云南等地,扎倉下轄23個康村。
郭芒扎倉
郭芒扎倉僅次于羅賽林扎倉,也分為經堂和佛殿兩部分。經堂面積985平方米,其建筑格局、柱子排列均與羅賽林扎倉相同,共有102根柱子。佛展部分由三個拉康組成,即且巴拉康、敏主拉康、卓瑪拉康。郭芒扎倉下屬有16個康村,有的較大的康村下面再分設米村,米村是以更小地域范圍劃分的僧團組織。
阿巴扎倉
阿巴扎倉是哲蚌寺的密宗學院。哲蚌寺規定,僧人在其他扎倉修習密法。阿巴扎倉位于措欽大殿的右后側,最前部為一封閉式的庭院,庭院四周是僧房,后部為經堂,經堂共有48根柱子,面積467平方米,經堂四壁繪有密宗題材的壁畫。
甘丹頗章
甘丹頗章為極樂宮,建于1530年,由二世達賴喇嘛根敦嘉措任哲蚌寺第十任赤巴(住持)時主持修建。以后三世、四世、五世達賴喇嘛都在這里居住過并歷任該寺赤巴。五世達賴喇嘛時期,建立了強有力的地方政權,因政務在該頗章(頗章意為宮殿)處理,故名甘丹頗章政權,甘丹頗章遂一度成為西藏地區政治權力中心,后來五世達賴遷往布達拉宮處理政務。