七仙洞景區:
主要地質遺跡:七仙洞巖溶地貌,水平洞頂、弧形側壁、邊槽、流痕、懸吊巖、鐘乳石等。
小佑山景區:
主要地質遺跡:水蝕花崗巖石蛋地貌,關公刀、仙人梯、象足巖、南瓜石等。
大佑山景區:
主要地質遺跡:大佑山破火山機構,大佑山崖壁、駝峰(五指山)、陽關三疊、百柱巖、定海神針、獅子抱球柱狀節理、雞公山崖壁、象鼻巖等。
瑞云山景區:
主要地質遺跡:瑞云洞、天馬山、天生拱、一線天、斜線天等。
萬壽巖景區:
主要地質遺跡:萬壽巖靈峰洞、船帆洞人工石鋪地層、舊石器、哺乳動物化石等古人類活動遺跡。
公園將劃分為八大類功能區
地質遺跡保護區:
該區根據保護對象的重要性,劃分為一、二、三級地質遺跡保護。
地質遺跡景觀游覽區:
包括大佑山園區大佑山景區、七仙洞景區、瑞云山景區內已初步開發地質科考線路的區域,萬壽巖園區考古遺址公園景觀廣場,以地質遺跡保護、地質科普游覽為主。
人文景觀游覽區:
包括瑞云山人文景觀區、萬壽巖外圍人文景觀區、小佑廟人文景觀區。
科普教育區:
包括萬壽巖地質博物館、萬壽巖考古遺址博物館、大佑山景區游客中心地質陳列館、瑞云山景區游客中心地質陳列館。
游客服務區:
包括七仙洞游客服務區、佑溪游客服務區、大佑山游客服務區、小佑山游客服務區、坑源游客服務區、南岐游客服務區、瑞云山游客服務區、萬壽巖游客服務區。
公園管理區:
設置瑞云山、萬壽巖公園管理區,分別負責大佑山園區、萬壽巖園區管理工作。
居民點保留區:
包括土地利用規劃規定的城鎮村用地。
自然生態區:
保護區、游覽區外圍環境發展控制區。